Çeşitli tıp kongrelerine sunulan bilimsel bildirimlerimiz bulunmaktadır.
Laboratuvarlarımız, bilimsel ortam ile yakından ilişkilidir ve bu alanda üretken olmaya çalışmaktadır.
Aşağıda, en güncel ve son döneme ait kongrelere sunulan bildiriler en üstte olmak üzere, diğer bildiriler altta geriye doğru yerleştirilmiştir.
Paşa Göktaş*, Z.Çağla Karakoç**,Orhan Dalkılıç***, Nilay Malkoç*, Funda Koçdoğan*, Özcan Nazlıcan*, Özlem Türkistan*, Şafak Göktaş*
* Gelişim Tıp Laboratuvarları,Klinik Mikr.ve İnfeksiyon Hastalıkları Ünitesi, Kızıltoprak.,İstanbul
** Bahçeşehir Üniversitesi Tıp Fakültesi-LİV Hospital, İnf. Hast.ve Kl.Mikr.Anabilim Dalı,İstanbul
*** Bahçeşehir Üniversitesi Tıp Fakültesi-Medical Park Hastanesi,Göğüs Hastalıkları Kliniği,İstanbul
Amaç: Bu çalışmanın amacı, sepsis tanısıyla yatan hastalardan gönderilen örneklerden SepsiTest multipleks PCR ile yapılan çalışma verilerinin bilimsel ortam ile paylaşılmasıdır.
Yöntem: 2014 yılında, 54 hastadan alınan kan örnekleri, laboratuvarımıza SepsiTest çalışılması isteğiyle gönderilmiştir. Çalışmalarda, Molzyme (Almanya) firmasının patentli ürünü olan SepsiTest kiti kullanılmıştır. Bu çalışmada, birinci aşamada PCR çalışması yapılmakta ve 4 saatlik çalışma işlemi sonunda, sonuç negatif ise, hastalara negatif sonuç verilmektedir. Sonuç pozitif ise, patojen DNA’ lar genetik sekans analizörü ile çalışılmaya devam ettirilmekte ve saptanan etkenin ismi belirlenmektedir. İkinci aşama da, yaklaşık 4 saat sürmektedir. Sistem, 600 civarında bakteri, fungus ve paraziti isimlendirebilmektedir. Bu sistem, materyalden doğrudan çalışma yapabilen ve etkeni belirleyebilen şu andaki en geniş multipleks PCR sistemidir.
Bulgular: 54 hastanın kan örneğinden 13 (% 24)’ ünde pozitif sonuç alınmıştır. Hastalardan 3 (% 23)’ ünde tek, 10 (% 77)’ unda birden fazla etken saptanmıştır. 13 pozitif olguda, toplamda 28 etken saptanmıştır. Saptanan etkenlerin 9’ u Gram negatif, 18’ i Gram pozitif, 1’ i Candida sp. dir. Saptanan etkenler arasında Strep. pneumoniae, Sterp. pseudopneumoniae, Strep. oralis, Strep. mitis, Enterococcus faecalis, S. pseudointermedicus, Staph. epidermidis, Proponibacterium acnes, E. coli, E. fergusonii, Arthrobacter woluwensis, Janthinobacterium sp. ve Candida sp. bulunmaktadır.
Sonuç: Bilindiği üzere sepsis, ölüm oranı yüksek bir sendromdur. Hızlı tanı yaşam kurtarıcıdırn. SepsiTest, 4-8 saatlik işlem süresine sahip olmasıyla hızlı bir PCR yöntemidir. Antibiyotiklerden etkilenmemesi avantajdır. Genellikle antibiyotik uygulanan hastalardan alınan % 24’ lük pozitiflik oranı değerli bulunmuştur. SepsiTest’ in, sekans analizi ile 600’ den fazla etkeni isimlendirebilmesi de avantajdır. Çalışmamızda da, klasik yöntemlerle isimlendiremeyeceğimiz bir hayli ilginç bakteri saptanmıştır. Bu nedenlerle, SepsiTest’ in tanıda hızlı, etkin ve alternatifsiz bir multipleks PCR yöntemi olduğu görüşüne varılmıştır.
Paşa Göktaş*, Z.Çağla Karakoç**,Orhan Dalkılıç***, Nilay Malkoç*, Funda Koçdoğan*, Özcan Nazlıcan*, Özlem Türkistan*, Şafak Göktaş*
* Gelişim Tıp Laboratuvarları,Klinik Mikr.ve İnfeksiyon Hastalıkları Ünitesi, Kızıltoprak.,İstanbul
** Bahçeşehir Üniversitesi Tıp Fakültesi-LİV Hospital, İnf. Hast.ve Kl.Mikr.Anabilim Dalı,İstanbul
*** Bahçeşehir Üniversitesi Tıp Fakültesi-Medical Park Hastanesi,Göğüs Hastalıkları Kliniği,İstanbul
Amaç: Bu çalışmanın amacı, solunum yolu infeksiyonu ön tanısıyla laboratuvarımıza gönderilen hastalarda yapılan multipleks PCR testlerinde alınan sonuçların ortaya konularak bilimsel ortam ile paylaşılmasıdır.
Yöntem: Laboratuvarımıza, çeşitli hastanelerden 2014 yılı içinde solunum yolu infeksiyonu ön tanısıyla hastalardan alınan örnekler multipleks PCR yöntemiyle patojen araştırılması amacıyla gönderilmiştir. Hastalardan gönderilen örnekler, üreticinin önerilerine uygun olarak multipleks PCR ile çalışılmıştır. Bu amaçla, PathoFinder ( Hollanda) firmasının 18 virüs ve 4 atipik pnömoni etkeni bakteriler olmak üzere, 22 patojeni saptayan solunum yolları multipleks PCR kiti kullanılmıştır. Kitin saptadığı etkenler şunlardır. (Virüsler: Influenza A, Influenza B, RSV-A, RSV-B, Human metapneumovirus, Rhinovirus/Enterovirus, Adenovirus, Influenza A H1N1n, Parainfluenza-1, Parainfluenza-2, Parainfluenza-3, Parainfluenza-4, Bocavirus Type1, Coronavirus NL63, Coronavirus HKU1, Coronavirus 229E, Coronavirus OC43; Bakteriler: Mycoplasma pneumoniae, Chlamydia pneumoniae, Legionella pneumophila, Bordetella pertussis)
Bulgular: 2014 yılı içinde gönderilen 45 hasta örneği üzerinde çalışma yapılmıştır. 17 ( % 37.7 ) hastada, 18 ( % 40) etken pozitif olarak saptanmıştır. 18 etkenin 15 (% 83.3)’i virüs ve 3 (% 16.7)’ü ise atipik pnömoni etkeni bakterilerdir. 15 virüsün 6 (% 40)’sı Influenza A, 3 ( %20)’ ü Human metapneumovirus, 3(%20)’ü Parainfluenza- 3, 1( %6.7)’i Parainfluenza-4, 2( %13.4)’ si de Adenovirüs’tur. Atipik pnömoni etkeni bakterilerden 2’si Legionella pneumophila ve 1’i de Mycoplasma pneumoniae olarak bulunmuştur. 45 hasta içindeki etkenlerin oranı Influenza A % 13.3 ( 6/45), Human metapneumovirus % 6.6 ( 3/45), Parainfluenza-3 % 6.6 (3/45), Paraınfluenza-4 % 2.2 ( 1/45), Adenovirus %4.4 (2/45), Legionella pneumophila % 4.4 (2/45) ve Mycoplasma pneumoniae da %2.2 (1/ 45) olarak bulunmuştur.
Sonuç: Mevcut multipleks PCR testi, solunum yolları etkenlerinden en sıklıkla patojen olan 22 etkeni ( 18 virüs ve 4 bakteri ) kapsamaktadır.
Mevcut kapsam ile alınan % 40 pozitif sonucun, oldukça başarılı bir sonuç olduğu söylenebilecek durumdadır.
• 18 etkenden 15 (% 83.3)’inin virüs olması, virüslerin solunum yollarında beklenenden daha önemli bir yere sahip olduğunu düşündürmektedir.
• Virüslerin izolasyonu ve saptanması oldukça güçtür. Multipleks PCR ile bu etkenlerin saptanabilir hale gelmesi tıbbi tanı yöntemleri yönünden büyük kazanç sayılmalıdır. Özellikle Human metapneumovirus, Parainfluenza-3 ve Parainfluenza-4 gibi etkenlerin oranlarının belirlenmesi, tanıya bir katkı niteliğindedir.
• Legionella pneumophila ve Mycoplasma pneumoniae gibi izolasyonu oldukça zor olan atipik pnömoni etkenlerinin saptanır hale gelmesi de oldukça değerli kabul edilmelidir.
• Multipleks PCR ile, saptanması oldukça zor olan virüsler ve atipik pnömoni etkenlerinin, üstelik de 1 gün gibi kısa bir moleküler çalışma sonucunda saptanır hale gelmesinin, tanıya yeni olanaklar ve fırsatlar sağladığı görüşüne varılmıştır.
Çalışma, sayı arttıkça yeni verilerle güncellenecektir.
Paşa Göktaş*, Z.Çağla Karakoç**,Orhan Dalkılıç***, Nilay Malkoç*, Funda Koçdoğan*, Özcan Nazlıcan*, Özlem Türkistan*, Şafak Göktaş*
* Gelişim Tıp Laboratuvarları,Klinik Mikr.ve İnfeksiyon Hastalıkları Ünitesi, Kızıltoprak.,İstanbul
** Bahçeşehir Üniversitesi Tıp Fakültesi-LİV Hospital, İnf. Hast.ve Kl.Mikr.Anabilim Dalı,İstanbul
*** Bahçeşehir Üniversitesi Tıp Fakültesi-Medical Park Hastanesi,Göğüs Hastalıkları Kliniği,İstanbul
AMAÇ: Bu çalışmanın amacı, gastrointestinal infeksiyon ön tanısıyla laboratuvarımıza gönderilerin dışkı örneklerinde, yapılan multipleks PCR testlerinde saptanan patojenlerin bilimsel ortam ile paylaşılmasıdır.
Yöntem: Laboratuvarlarımıza, gastrointestinal infeksiyon ön tanısıyla hastalardan alınan dışkı örnekleri, patojen araştırılması amacıyla gönderilmiştir. Örneklerde, multipleks PCR ile patojen araştırılmıştır. Bu amaçla, PathoFinder (Hollanda) firmasının 9 bakteri, 4 virüs araştıran multipleks PCR kiti kullanılmıştır.
Bulgular: 2014 yılı içinde gönderilen 30 dışkı örneğinde çalışma yapılmıştır. 30 hastadan 19 (% 63.3)’ unda patojen saptanmıştır. Bunlardan 11 (% 36.7)’ inde tek patojen, 6 (% 20)’ sında iki, 1 (3.3)’ inde üç ve 1 (% 3.3)’ inde de dört patojen saptanmıştır.19 hastada, toplamda 29 patojen saptanmıştır. 30 hastadan 1 (% 3.3)’ inde Campylobacter spp., 2 (% 6.7)’ sinde Salmonella spp., 2 (% 6.7)’ sinde Clostridium difficile toksin A/B, 6 (%20)’ sında E. coli O157, 3 (% 10)’ ünde STEC, 12 (% 40)’ sinde Norovirus ve 3 (% 10)’ ünde de Dientamoeba fragilis saptanmıştır. Toplamda 12 (% 40) olguda Norovirus bulunmuştur.
Sonuç:
• Multipleks PCR ile patojen saptama oranı tatmin edicidir (% 63.3)
• Multipleks PCR ile, diğer tanı yöntemleriyle kolaylıkla saptanamayan etkenler, kısa sürede saptanabilmektedir.
• % 40 olguda Norovirus saptanması dikkat çekicidir. Bölgesel ya da dönemsel bir Norovirus salgınından söz edilebilir.
• 11 hastada (% 36.7) tek patojen, 8 (% 26.7) hastada genelde birisi Norovirus olmak üzere birden fazla patojen saptanmıştır. Bunlardan 3 (% 10)’ ünde E. coli O157:H7 ve 3 (% 10)’ ünde de STEC, Norovirus’ a eşlik etmiştir.
• 3 hastada (% 10) Dientamoeba fragilis, diğer etkenlere eşlik etmiştir. D. fragilis’ in patojenliği tartışılabilir.
Multipleks PCR’ ın gastrointestinal patojenlerin tanısında yüksek verimlilik taşıyan, hızlı ve etkin bir tanı yöntemi olduğu, epidemiyolojik olarak da değerli veriler sunduğu, çalışma sayılarının artırılmasıyla bu verilerin daha da zenginleşeceği görüşüne varılmıştır.
Şafak Göktaş*, Z.Çağla Karakoç**,Orhan Dalkılıç***, Nilay Malkoç*, Funda Koçdoğan*, Özcan Nazlıcan*, Özlem Türkistan*, Paşa Göktaş*
* Gelişim Tıp Laboratuvarları, Klinik Mikr.ve İnfeksiyon Hastalıkları Ünitesi, Kızıltoprak, İstanbul
** Bahçeşehir Üniversitesi Tıp Fakültesi-LİV Hospital, İnf. Hast.ve Kl.Mikr.Anabilim Dalı,İstanbul
*** Bahçeşehir Üniversitesi Tıp Fakültesi-Medical Park Hastanesi, Göğüs Hastalıkları Kliniği, İstanbul
Amaç: Bu çalışmanın amacı, Interferon Gamma Releasing Assay (IGRA) testler olan
T-SPOT.TB Test ve Quantiferon TB Test ile alınan sonuçların verimliliğinin değerlendirilmesidir.
Yöntem: Laboratuvarlarımızda, ilk dönemde IGRA test istemleri için Quantiferon TB Gold Test (Cellestis, Avustralya) kullanılmıştır. Indetermine (Belirlenemeyen) sonuç oranlarının yüksekliği nedeniyle, 2013 Haziran ayından itibaren T-SPOT.TB Test ( Oxford Immunotec, United Kingdom) kullanılmaya başlanmıştır. Testler üretici firmaların talimatları doğrultusunda çalışılmıştır.
Bulgular: 2010- 2013 Mayıs arasında, IGRA test istemleri için 231 hastada Quantiferon TB Gold Test çalışılmış. 47 ( %20.35) hasta pozitif, 162 ( %70.13) hasta negatif ve 22 ( %9.52) hasta da indertermine ( belirlenemeyen) sonuç vermiştir. 2013 Haziran ayından itibaren IGRA test isimleri için 778 hastada T-SPOT.TB Test çalışılmış, % 183 (23.5) hasta sonucu pozitif ve 599 (%76.5) hasta sonucu negatif bulunmuştur. 9 (% 1.1) hastada test yeni örnekle tekrardan çalışılmıştır. Indetermine sonuç bulunmamıştır.
Sonuç: Her iki testin pozitiflik oranları birbirine yakındır ( Quantiferon %20.35, T-SPOT.TB % 23.5) Ancak, Quantiferon uygulanan hastalarda indetermine ( belirlenemeyen) sonuç oranlarının yüksekliği dikkat çekicidir. Bunun dışında, T-SPOT.TB Testin her gün çalışmaya uygun olması ve ertesi gün sonuç verebilmesi, tek tek çalışmaya uygun olması, hastadan kan alımının basit ve kolay olması, test için ön işlemlerin hataya daha az açık olması, bağışıklığı baskılanmış bireylerde daha iyi sonuç alınması gibi nedenlerle, Quantiferon’a oranla laboratuvarlar ve klinisyenler yönünden daha tercih edilebilir olduğu sonucuna varılmıştır.
Paşa Göktaş*, Z.Çağla Karakoç**,Orhan Dalkılıç***, Nilay Malkoç*, Funda Koçdoğan*, Özcan Nazlıcan*, Özlem Türkistan*, Şafak Göktaş*
* Gelişim Tıp Laboratuvarları,Klinik Mikr.ve İnfeksiyon Hastalıkları Ünitesi, Kızıltoprak.,İstanbul
** Bahçeşehir Üniversitesi Tıp Fakültesi-LİV Hospital, İnf. Hast.ve Kl.Mikr.Anabilim Dalı,İstanbul
*** Bahçeşehir Üniversitesi Tıp Fakültesi-Medical Park Hastanesi,Göğüs Hastalıkları Kliniği,İstanbul
IGRA TESTLER TÜBERKÜLOZU KANITLAMAK İÇİN Mİ, YOKSA DIŞLAMAK İÇİN Mİ KULLANILMALIDIR?
Amaç: Bu çalışmanın amacı, Interferon Gamma Releasing Assay (IGRA)’ lerin tüberkülozun tanısında en doğru şekilde nasıl kullanılabileceğini irdelemektir.
Yöntem: Laboratuvarlarımızda 2010- 2013 Mayıs arasında IGRA test istemleri için Quantiferon (Cellestis, Avustralya) kullanılmıştır. Indetermine (belirlenemeyen) sonuç oranının yüksekliği nedeniyle, 2013 Haziran ayından itibaren T-SPOT.TB Test (Oxford Immunotec, UK) kullanılmaya başlanmıştır.
Bulgular: Çalışılan Quantiferon sayısı 231’dir. 47 ( % 20.35) hastada pozitif, 162 ( % 70.13) hastada negatif ve 22( %9.52) hastada indetermine ( belirlenemeyen) sonuç alınmıştır. 778 hastada T-SPOT.TB Test çalışılmış, 183 (% 23.5) hastada pozitif, 595 ( % 76.5) hastada negatif sonuç alınmıştır.
Sonuç:Toplamda 1009 gibi yüksek bir sayı değerlendirilmiştir. T-SPOT.TB Test ile,778 hastadan % 23.5’ u pozitif bulunmuştur. Bu durumda, Türkiye’nin tüberküloz ile infekte popülasyonunun % 23.5 altında olduğu söylenebilir. Çünkü bu çalışmadaki olgular, tüberküloz ön tanılı olgulardır.
• % 23.5 pozitif sonuç, bugüne kadar tüberküloz ile ilgili tüm inanış, önyargı ve yaklaşımları da değiştirecek niteliktedir.
• Bu sonuç, PPD ile alınan yüksek pozitiflik oranlarının gerçeklik taşımadığını, Türkiye gibi BCG aşılı bir toplumda PPD kullanmanın tanıda çok yararlı olmayacağını düşündürmektedir.
• BCG aşılı toplumlarda, IGRA testlerin daha yararlı olduğu görülmektedir.
• IGRA testler içinde de, indetermine sonuç oranının düşüklüğü, tek tek ve günlük çalışmaya uygun olması, hemen ertesi gün sonuç alınabilmesi, örnek alımının kolaylığı ve immunsuprese bireylerde daha iyi sonuç alınması nedeniyle, T-SPOT.TB Testin daha uygun olduğu sonucuna varılmıştır.
• % 23.5 hastanın pozitif, % 76.5 hastanın negatif bulunması, IGRA testlerin öncelikle tüberkülozu dışlamak için kullanılmasının daha akılcı olduğunu göstermektedir. Böylelikle, tanıda önemli bir olasılık dışlanmış olmaktadır. IGRA test ile pozitif bulunan olgularda ise, tüberküloz üzerinde daha güçlü olarak durulmalıdır.