Solunum Yolu Hastalık Etkenleri Multipleks PCR
Testlerinin Avantajları Nelerdir?
Solunum yollarındaki üst solunum yolu infeksiyonu, bronşit, zatürre (pnömoni) gibi durumları ortaya çıkaran ve toplumda çok sık görülen hastalıkların gerçek etkenlerini ortaya koymak oldukça zordur. Çünkü bu etkenlerin büyük bir kısmını virüsler oluşturmaktadır. Virüsleri tespit etmek de bugünkü tanı yöntemleriyle oldukça zor ve zahmetlidir. Bu hastalıkların önemli bir kısmını da atipik bakteriler oluşturmaktadır. Bu bakterileri ortaya koymak kültür gibi tanı yöntemleriyle oldukça zordur. Son dönemde kullanılmaya başlanılan Solunum Yolu Patojenleri Multipleks PCR Testi, bu konudaki güçlükleri aşan, en hızlı ve doğru şekilde tanıya götüren ileri bir laboratuvar yöntemi durumundadır.
Bu yöntemin, diğer tanı yöntemlerine göre belirgin üstünlükleri bulunmaktadır.
Bunlar başlıca:
1. Direkt Tanı Yöntemidir
Multipleks PCR testleri, direkt tanı yöntemidir. Çünkü mikrobun bizzat kendisini, yani DNA veya RNA’sını tespit eder. Diğer tanı yöntemleri gibi, mikroba karşı vücutta oluşan dolaylı reaksiyonları araştırmakla uğraşmaz.
2. Güvenirliliği Yüksektir
Bu yöntemin güvenilirliği yüksektir. Bunun da nedeni, doğrudan mikrobu saptamasıdır.
3. Erken Tanı Sağlar
Bunun da nedeni, az sayıda bile olsa mikropların çoğaltılarak ölçülür hale getirilmesidir. Böylelikle, az sayıda bile olan mikroplar saptanır hale gelir. Hastalığın erken dönemlerinde, mikrobun bulaşmasından çoğu zaman 10 gün sonra mikrop saptanır hale gelebilmektedir.
4. Hızlı Sonuç Çıkarılır
Test sonucu hızlı şekilde ortaya konulur. Saatler içinde, en geç bir-iki günde sonuca ulaşılır. Halbuki diğer tanı yöntemlerinde sonuca ulaşmak için günler, bazen haftalar süren incelemeler yapmak gerekir.
5. Antibiyotik Verilişinden Etkilenmez
Bu yöntemin kültüre göre en büyük üstünlüğü, antibiyotik verilişinden etkilenmemesidir. Kültür gibi yöntemler, antibiyotik verilişinden etkilenir ve mikrop var bile olsa, antibiyotik kullanılmaya başlanmışsa yokmuş gibi sonuç verir. Yani sonuç, YALANCI NEGATİF’tir. PCR yönteminde ise, mikrop halen canlı olarak var ve faaliyette ise, antibiyotik verilse bile tespit edilebilmektedir.
6. Hastalığın Takip ve Tedavisinde Kullanılır
Multipleks PCR testleri, takip ve tedavisi sürdürülen hastalarda, mikrobun kaybolup kaybolmadığını ve tedavinin başarılı olup olmadığını anlamak için kullanılır. Bunun için de aralıklı kontroller yapılır.
7. Çok Sayıda Etken (Mikrop) Tek Bir Çalışmada Ortaya Konulur
Bu yöntemin en büyük üstünlüğü, çok sayıda mikrobun tek bir çalışma ile kısa sürede ve yüksek güvenirlikte bir test ile ortaya konulabilmesidir.
Solunum Yolu Patojenleri Multipleks PCR Testi ile 22 patojen etken araştırılmaktadır. Bunların 18’ i virüs ve 4’ ü de atipik pnömoni etkeni bakteri durumundadır. Virüsler içinde H1N1 (Domuz gribi) ve son dönemde sık görülen Bocavirus da bulunmaktadır. Bakteriler, atipik pnömoniye neden olan ve genelde kültürde üretilemeyen etkenleri kapsamaktadır.
Bu test ile ortaya çıkarılan patojenler şunlardır:
Virüsler: Influenza A, Influenza B, H1N1, RSV-A, RSV-B, Parainfluenza-1, Parainfluenza-2, Parainfluenza-3, Parainfluenza-4, Coronavirus OC43, Coronavirus 229E, Coronavirus NL63, Coronavirus HKU1, Rhino/ Enterovirus, Adenovirus, Human Metapneumovirus, Bocavirus Tip-1.
Bakteriler: Chlamydophila pneumoniae, Mycoplasma pneumoniae, Legionella pneumophila ve Bordetella pertussis
(NOT: Aşağıdaki bildiriler, 14-17 Kasım 2016 tarihinde Antalya' da yapılan 37. Türk Mikrobiyoloji Cemiyeti Kongresi' nde sunulmuştur)
MULTİPLEKS PCR YÖNTEMİYLE, 2016 YAZ AYLARINDA SAPTANAN BOCAVİRUS SALGINININ İRDELENMESİ
AMAÇ: Bu çalışmanın amacı, laboratuvarlarımızda 2016 yaz aylarında saptanan Bocavirus Tip-1 salgını verilerinin bilimsel ortam ile paylaşılmasıdır.
GEREÇ VE YÖNTEM: Gelişim Tıp Laboratuvarlarına, çeşitli kuruluşlardan 2016 yılı başından Ağustos ayı sonuna kadar geçen 8 aylık sürede 775 hastanın solunum yolu materyali, multipleks PCR yöntemiyle patojen etken saptanması amacıyla gönderilmiştir. Örnekler, aynı gün çalışmaya alınarak, ertesi günü sonuç verilmiştir. Çalışmalarda, PathoFinder (Hollanda) firmasınca üretilen CE onaylı RespiFinder 2 Smart Real-Time multipleks PCR kiti kullanılmıştır. Cihaz olarak Rotorgene R-T PCR cihazı kullanılmıştır. Kit, 18 virus ve 4 bakteriyi saptamaktadır. Virusler Influenza A, Influenza B, H1N1, RSV-A, RSV-B, Parainfluenza-1, Parainfluenza-2, Parainfluenza-3, Parainfluenza-4, Coronavirus OC43, Coronavirus 229E, Coronavirus NL63, Coronavirus HKU1, Rhino/ Enterovirus, Adenovirus, HMPV, Bocavirus Tip-1 şeklindedir. Bakteriler ise Chlamydophila pneumoniae, Mycoplasma pneumoniae, Legionella pneumophila ve Bordetella pertussis şeklindedir.
BULGULAR: 2016’nın ilk 8 ayı içinde, laboratuvarlarımıza gönderilen 775 hasta örneğinden 335 (%43.2)’inde negatif sonuç alınmış, 440 (%56.8)’ında ise yukarıda belirtilen etkenlerden en az birisi pozitif olarak bulunmuştur. Etkenler içinde, Bocavirus Tip-1’in seyri dikkat çekici bulunmuştur. 2014 ve 2015 yıllarında Bocavirus oranı örnekler içinde hiç %10 üzerine çıkmaz iken, 2016 yazında ciddi bir yükseliş görülmüştür. 2016 Ocak ayında 309 olgudan 5 (%1.6)’inde, Şubat ayında 148 olgudan 0 olguda, Mart ayında 73 hastadan 7 (%9.5)’sinde, Nisan ayında 53 hastadan 1 (%1.9)’inde Bocavirus saptanmıştır. Mayıs ayında ise oran birden yükselmiş, 51 hastanın 17 (%33)’sinde Bocavirus saptanmıştır. 2016 Haziran ayında oran %68 (56 hastanın 38’i) ve Temmuz ayında %65 (43 hastanın 28’i) olarak gerçekleşmiştir. Ağustos ayında ise oran %7.2’ye düşmüştür (42 hastanın 3’ünde).
SONUÇ: 2014 ve 2015 yıllarındaki seyir ile kıyasladığımızda, 2016 Mayıs, Haziran ve Temmuz aylarını kapsayan bir Bocavirus Tip-1 infeksiyonu salgını ile karşı karşıya olduğumuzu görmekteyiz. Bocavirus infeksiyonu, 2005 yılından itibaren bilinmektedir. Pnömoni, bronşit, bronşiolit yapmaktadır. 1)Literatürde alt SYE içindeki oranı %1.5-%5.7 arasında bildirilmiştir. Bizim bulgularımızda ise oran %68’e kadar yükselmiştir. 2) Literatürde, soğuk aylarda görüldüğü bildirilmektedir. Bizim olgularımız ise yaz aylarındadır. 3) Literatürde, infeksiyonun genelde 5 yaş altı çocuklarda görüldüğü bildirilmektedir. Bizim olgularımızın ise %51 (51/99)’i 10 yaş altında, % 21 (21/99)’i 10-30 yaş arasında, %7 (7/99)’si 30-50 yaşa arasında, %20.2 (20/99)’si de 50 yaşın üzerindedir.
Bulgularımızın, az bilinen bu infeksiyon hakkında literatüre katkı yapacak nitelikte olduğu sonucuna varılmıştır.
H1N1 (DOMUZ GRİBİ) OLGULARININ 2015 ve 2016 YILI SEYİRLERİNİN İRDELENMESİ
AMAÇ: Bu çalışmanın amacı, H1N1 vakalarının 2015 ve 2016 yıllarındaki görülme dönemlerini ortaya koyarak, alınacak tedbirlerle ilgili veriler sunulmasını sağlamaktır.
GEREÇ VE YÖNTEM: Bu çalışmada değerlendirmeye alınan hastalar 2014, 2015 ve 2016 yılları içinde Gelişim Tıp laboratuvarları’na solunum yolu materyalinden multipleks PCR ile patojen etken saptanması için başvuran, ya da örneği gönderilen hastaları kapsamaktadır. Hastalardan alınan solunum materyalinden, multipleks PCR ile 18 virüs ve 4 atipik pnömoni etkeni bakteri olmak üzere, 22 etken araştırılmıştır. Araştırılan virüsler,H1N1, Influenza A, Influenza B, RSV-A, RSV-B, Parainfluenza-1, Parainfluenza-2, Parainfluenza-3, Coronavirus OC43, Coronavirus NL63, Coronavirus HKU1, Rhino/Enterovirus, Adenovirus, HMPV, Bocavirus Tip-1 şeklindedir. Atipik pnömoni bakterileri ise Chlamydophila pneumoniae ve Bordetella pertussis şeklindedir. Çalışmalarda, PathoFinder (Hollanda) firmasının CE onaylı RespiFinder 2 Smart Real-Time multipleks PCR kiti kullanılmıştır. Çalışmalar, Rotorgene Real-Time PCR cihazında yapılmıştır.
BULGULAR: 2014 yılı Eylül- Aralık döneminde, Gelişim Tıp Laboratuvarları’na gönderilen örnekler içinde hiç H1N1 olgusu saptanmamıştır. 2015 Ocak ayında ise 3 (%3.9), Şubat’ta 5 (%9.8), Mart’ta 45 (%21.7), Nisan’da 13 (%10.3), Mayıs’ta 4 (%5.8) olgu görülmüştür. Haziran- Ağustos arasında H1N1 olgusu saptanmamıştır. 2015 Eylül’de 1, Ekim’de 1, Kasım’da 2, Aralık’ta ise artarak 12 (%7.7), 2016 Ocak’ta 48 (%15.5), Şubat’ta 19 (%12.8), Mart’ta 1 ve Nisan’da 3 (%5.6) vaka görülmüştür. 2016 Mayıs- Ağustos arasında hiç H1N1 vakası görülmemiştir.
SONUÇ: Domuz gribi (H1N1) olgularının, 2014-2015 kışına oranla, 2015-2016 kışında 2 ay daha erken ortaya çıktığı görülmektedir. 2015 yılında ilk olgular Ocak ayında ortaya çıkarak, Mart ayında 45 (%21.7) olgu ile pik yapmıştır. 2015-2016 kışında ise, ilk olgular 2015 Ekim-Kasım ayında başlamış, 2015 Aralık’ta 156 hasta içinde 12’ye (%7.7) yükselmiş, 2016 Ocak ayında 48 (%15.5) olgu ile pik yapmıştır. Sayı 2016 Şubat’ta 19’a (%12.8) gerilemiş, Mart’ta 1, Nisan’da 3 (%5.6) olgu görülmüş, 2016 Mayıs-Ağustos arasında H1N1 olgusu görülmemiştir.
2014- 2015 kışında H1N1 piki 2015 Mart ayında, 2015-2016 kışında ise 2016 Ocak ayında ortaya çıkmıştır. Bu durum, grip (influenza) aşısının uygulanma zamanını etkin tayin etme gerekliliğini ortaya koymaktadır. Erken aşılama, infeksiyon için önleyici olmayabilir. Optimal ve en kritik ayları kapsayacak aşılama zamanının belirlenmesi akılcı olacaktır.