Tıbbi Teknoloji Yerinde Durmuyor

• Tıbbın tüm alanlarında sürekli bir ARGE faaliyeti var
• Laboratuvar diagnostiği alanında da yoğun gelişmeler yaşanıyor
• Her yıl onlarca test tanı alanına giriyor
• Bunların bir kısmı FDA ve CE onayları alarak rutin kullanımda kendilerine yer buluyor

Türkiye’de En Büyük Engel SGK, Sağlık Bakanlığı ve SUT Uygulaması

• Dünyada birçok  ülkede neredeyse rutin hale gelmiş uygulamalar hala Türkiye’de "yeni" kategorisinde
• Sağlık Bakanlığı ve özellikle de SGK, laboratuvar test listesini güncellemiyor
• 2006 yılından beri liste güncellenmemiş durumda

(11 yıl)

• Bazı kademeler görevini yapmıyor
• Ekonomik yaklaşım, bilimsel yaklaşımın önüne geçmiş durumda
• Hastaların çoğunluğu, yeni yöntemlere erişemiyor

Özel Laboratuvarlar Bekleyemez

• Sağlık sistemi %90-95 oranda SUT’a bağımlı hale gelmiş durumda
• Üniversite ve EAH dahil, sistem tanı alanında geri kalıyor
• Özel laboratuvarlar bu bağımlılığın kısmen dışındalar
• Yeni laboratuvar yöntemlerini uygulamada öncülük yapıyorlar (Özellikle Gelişim Tıp Laboratuvarları)
• A grubu markalaşmış özel hastaneler de (Memorial, Medical Park, Medipol, Florence Nightingale, Medicana gibi) bu hizmeti Gelişim Tıp Laboratuvarları’ndan alıyorlar.

Tercih Edilebilir Bir Laboratuvar Testi Nasıl Olmalıdır?

• Research aşamasını geçmiş,FDA ve CE-IVD gibi kabul edilebilir belgeleri almış olmalı
• Tanıda önemli bir işlevi yerine getirmeli, tanısal değere sahip olmalı
• Büyük cihaz ve ekipman yatırımları gerektirmemeli
• Kolay çalışılabilir ve uygulanabilir olmalı
• Makul sürede sonuç alınabilmeli
• Maliyet etkin, ekonomik ve erişilebilir olmalı

Bu nitelikte laboratuvar testlerini sunmaya çalışacağız.

BAŞLICA YENİ LABORATUVAR TEST VE YÖNTEMLERİ

1. MULTİPLEKS PCR PANELLERİ
2. MOLEKÜLER KANTİTATİF VİRÜS ÖLÇÜMLERİ
3. MOLEKÜLER İLAÇ DİRENÇ TESTLERİ
4. GENOTİPLENDİRME TESTLERİ
5. MONOPLEKS PCR TESTLERİ
6. IGRA TESTLER
7. KONFİRMASYON/DOĞRULAMA TESTLERİ
8. ANTİJEN TESTLERİ

• POC/HASTA BAŞI/ACİL MOLEKÜLER TESTLER

A. MULTİPLEKS PCR PANELLERİ

En Büyük Avantajı, Çok Sayıda Patojenin Tek

Çalışmada Saptanması

• Solunum yolu infeksiyonlarında
• Menenjit ve Sepsiste
• Gastrointestinal sistem infeksiyonlarında
• Cinsel yolla bulaşan infeksiyonlarda
• Aspergillus infeksiyonlarında
• Dermatomikoz infeksiyonlarında

Çok sayıda patojen tek bir moleküler çalışmada saptanabilmektedir.

MULTİPLEKS PCR, MOLEKÜLER YÖNTEMİN ÜSTÜNLÜKLERİNİ BARINDIRMAKTADIR

• Moleküler (PCR) yöntemi, şu anda tanıda kullanılan en ileri yöntemdir.
• Real-Time PCR yöntemi de, moleküler yöntemin en ileri aşamasıdır.
• Multipleks PCR yöntemi ise, çok sayıda patojenin aynı anda tanınmasına olanak sağlayan bir yöntemdir.
• Burada, moleküler yöntemin üstünlüklerinden yararlanmaktadır.
• Moleküler yöntem üstündür. Çünkü direkt tanı yöntemidir. Patojenin doğrudan DNA’sı veya RNA’sı,yani bizzat kendisi saptanmaktadır.
• Kültür gibi antibiyotik kullanımından etkilenmez. Patojen varsa vardır, yoksa yoktur.
• Kısa sürede sonuç alınmaktadır.
• Başarı oranı, yani patojeni yakalama oranı daha yüksektir.
• Daha ekonomiktir. Çok sayıda etken kısa sürede tanınabildiği ve zamandan kazanıldığı için.

MULTİPLEKS PCR İle, TANIDAKİ ZORLUKLAR AŞILMAKTADIR

• Örneğin Solunum Yolu Patojenleri Multipleks PCR testinde,diğer yöntemlerle tanı konulması oldukça zor olan atipik pnömoni etkeni mikoplazma, klamidya, legionella ve bordatella’nın tanıları başarılı biçimde konulmaktadır.
• Menenjit/ Sepsis etkenleri Multipleks PCR testinde, diğer yöntemlerle tanı konulması oldukça zor olan Hemofilus influenza, Listeria monocytogenes, Borrelia burgdorferi gibi bakterilerin tanıları başarılı biçimde konulmaktadır.
• Kültür ile EPEC, ETEC, EIEC ayrımı yapmak oldukça zordur. Yersinia, Clostridium difficile toxin A ve B ayrımını yapmak da hayli zahmetlidir.
• Tüm bu konularda kültür başarısız ve verimsizdir.
• ELISA testleri çok iyi sonuç vermezler. Ayrıca direkt değil, dolaylı tanı yöntemidirler.
• Virüslerin kültürü pratikte yapılamamaktadır.
• Kültür, ELISA, IFA gibi yöntemler kullanılsa bile oldukça uzun zaman almaktadırlar.
• Ayrıca, ciddi maliyetler ortaya çıkmaktadır.
• Bunun dışında, eğer antibiyotik alınmışsa genelde başarısız sonuç alınmaktadır. Çünkü, antibiyotikler sonucu yalancı negatif hale getirmektedirler.
• Tüm bu zorluklar bu test ile aşılmaktadır.

TESTLERİN GENEL ÖZELLİKLERİ

• Başarı oranı yüksektir. Hastaların %50’sinden fazlasında patojen saptanmaktadır.
• Sonuçlar güvenilirdir. PCR’ın üstünlüğünü yansıtmaktadır.
• Sonuçlar hızlıdır. Genelde 1-2 günde sonuç verilmektedir.
• Kapsam geniştir. Çok sayıda patojen tek çalışmada verilmektedir.
• Maliyet/ Yarar kriteri esas alınırsa, test diğer yöntemlerden daha ekonomiktir.

SONUÇ VERME SÜRESİ

• Örnek laboratuvara ulaştıktan itibaren 1-2 gün içindedir.
• Bu durum, yukarıda belirtilen,
• Hem Solunum Yolu Patojenleri Multipleks PCR testi için,
• Hem Menenjit/Sepsis Etkenleri Multipleks PCR testi için,
• Hem Gastrointestinal Patojenler Multipleks PCR testi için,
• Hem de Cinsel Yolla bulaşan Patojenler Multipleks PCR testi için geçerlidir.

SOLUNUM YOLU PATOJENLERİ MULTİPLEKS PCR TESTİ

OLDUKÇA KAPSAMLI PATOJEN PANELİ: 22 PATOJEN

Bu test ile, oldukça kapsamlı bir patojen paneli araştırılmaktadır. 22 patojen. Bunların 18’i virüs, 4’ü de atipik pnömoni etkeni bakterilerdir.

Araştırılan etkenler şunlardır:

Atipik pnömoni etkeni bakteriler:

Mycoplasma pneumoniae

Chlamydophila pneumoniae

Legionella pneumophila Bordatella pertussis

Virüsler:

Influenza A

Influenza B

H1N1 (Domuz gribi)

RSV-A

RSV-B

Human metapneumovirus

Rhinovirus/ Enterovirus

Adenovirus

Bocavirus

Parainfluenza-1 Parainfluenza-2 Parainfluenza-3

Parainfluenza-4

Coronavirus-NL63

Coronavirus-HKU1

Coronavirus-229E

Coronavirus-OC43

Çalışma Materyali:

Boğaz ve burun sürüntüsü, bronkoalveolar lavaj (BAL) gibi örnekler

MENENJİT/SEPSİS ETKENLERİ MULTİPLEKS PCR TESTİ

ÇOK ETKİN VE KAPSAMLI PATOJEN PANELİ: 23 PATOJEN Bu test ile, oldukça kapsamlı ve fonksiyonel bir patojen paneli araştırılmaktadır. Etkenlerin 12’sini virüsler, 9’unu bakteriler ve 2’sini de funguslar oluşturmaktadır.

Araştırılan etkenler şunlardır:

Bakteriler:

Haemophilus influenzae

Streptococcus pneumoniae

Streptococcus agalactiae

Neisseria meningitidis

Staphylococcus aureus

Listeria monocytogenes

Escherichia coli K1

Borrelia burgdorferi Borrelia miyamotoi

Virüsler:

HSV-1 (Herpes simplex-Tip 1)

HSV-2 (Herpes simplex- Tip 2)

Parechovirus

Enterovirus

EBV

CMV

VZV

Mumphs (Kabakulak) virusu

Measles ( Kızamık) virusu

HHV- 6 ( Human herpes virus-6) HHV-7 ( Human herpes virus- 7) HHV-8 (Human herpes virus- 8) Mantarlar:

Cryptococcus neoformans Cryptococcus gattii

Çalışma Materyali:

BOS, EDTA’lı kan, sinovial sıvı, plevral sıvı, perikardial sıvı gibi örneklerdir.

GASTROİNTESTİNAL PATOJENLER MULTİPLEKS PCR TESTİ

FONKSİYONEL VE GENİŞ PATOJEN PANELİ: 18 PATOJEN

Bu test ile, oldukça geniş ve fonksiyonel bir patojen paneli araştırılmaktadır. Bunların 9’u bakteri, 5’i virüs ve 4’ü de protozoonlardır. Araştırılan etkenler şunlardır:

Bakteriler:

Salmonella spp. Yersinia enterocolitica Campylobacter spp.

Clostridium difficile toksin A

Clostridium difficile toksin B

Shiga toksin producing E.coli

Enteropatojenic E.coli (EPEC)

Shigella/ Enteroinvasive E.coli (EIEC)

Virüsler:

Adenovirüs

Rotavirüs

Norovirüs

Astrovirüs Sapovirüs Protozoonlar:

Entamoeba histolitica Giardia lamblia Cryptosporidium spp. Dientamoeba fragilis

Çalışma Materyali:

Hasta dışkı örneğidir

ÜROGENİTAL MİKROBİYOTA REAL-TİME PCR TESTİ: FEMOFLOR-16

FONKSİYONEL VE GENİŞ PANEL: 16 ETKEN

Bu test ile, oldukça geniş bir mikroorganizma paneli araştırılmaktadır. Bunların içinde aerob bakteriler, kültür ile saptanamayan anaerob bakteriler, mikoplazmalar ve Candida yer almaktadır.

Araştırılan etkenler şunlardır:

Aerob Bakteriler:

Lactobacillus spp

Enterobacteriaceae familyası Streptococcus spp.

Staphylpcoccus spp.

Anaerob Bakteriler:

• Gardnerella vaginalis+ Prevotella bivia+ Porphyromonas spp.
• Eubacterium spp.
• Sneathia spp+ Leptotrichia spp+ Fusobacterium spp
• Megasphaera spp+ Veillonella spp+ Dialister spp
• Lachnobacterium spp+ Clostridium spp
• Mobiluncus spp+ Corynebacterium spp
• Peptostreptococcus spp
• Atopobium vaginae

Mikoplazmalar:

Mycoplasma hominis

Mycoplasma genitalium

Ureoplasma (urealyticum+parvum) Fungus:

Candida spp.

Çalışma Materyali:

Servicovaginal sürüntü, Üretral akıntı, İdrar

KADIN CİNSEL YOLLA BULAŞAN PATOJENLER MULTİPLEKS PCR TESTİ: FEMOFLOR CİNSEL BULAŞ TARAMA

ETKİN VE GENİŞ PATOJEN PANELİ: 13 PATOJEN

Bu test ile, oldukça fonksiyonel bir patojen paneli araştırılmaktadır. Bunların 8’i bakteri, 3’ü virüs, 1’i parazit ve 1’i de mantardır. Araştırılan etkenler şunlardır: Bakteriler:

Lactobacillus spp.

Neisseria gonorrhoeae

Chlamydia trachomatis

Anaerob Bakteriler:

• Gardnerella vaginalis+ Prevotella bivia+ Porphyromonas
• Mikoplazmalar:
• Mycoplasma hominis
• Mycoplasma genitalium
• Ureoplasma ( urealyticum+ parvum)

Virüsler:

HSV-1 (Herpes Simpleks-1)

HSV-2 (Herpes Simpleks-2) CMV (Cytomegalovirus) Fungus:

Candida spp.

Protozoon:

Trichomonas vaginalis

Çalışma Materyali:

Servicovaginal sürüntü, Üretral akıntı, İdrar

ERKEK ÜROGENİTAL MİKROBİYOTA REAL-TİME PCR TESTİ: ANDROFLOR

• Erkeklere yönelik ürogenital mikrobiyota testidir. Ürogenital sistemin mikrobiyal profilini ortaya koyar
• Kültür değildir, moleküler (DNA) testidir. Mikropların DNA’larını saptar
• Antibiyotiklerden etkilenmez
• 27 civarındaki mikrobun, ürogenital sistemdeki durumunu ortaya koyar
• Anaerobları saptar
• Kültürde zor üreyen bakterileri saptar
• Kültürde zor üreyen parazitleri saptar
• Toplam bakteri yükünü saptar. Her bir mikrobun TMY’e oranını verir

Çalışma Materyali:

Üretral akıntı, Üretral sürüntü, İdrar

ERKEK CİNSEL YOLLA BULAŞAN PATOJENLER

MULTİPLEKS PCR TESTİ: ANDROFLOR CİNSEL

BULAŞ TARAMA

• Toplam Mikrobiyal Yükü gösterir
• Normal Floranın dengesini gösterir
• Anaerobların sayı ve oranını gösterir
• Patojenleri bakterileri
• Virüsleri (CMV)
• Candida sayı ve oranını
• Protozoonlardan Trichomonas vaginalis
• Şüpheli cinsel temas ile bulaşabilecek başlıca patojenlerin  tümünü
• Tek bir çalışmada ortaya koyar

Çalışma Materyali:

Üretral akıntı, Üretral sürüntü, İdrar

ANDROFLOR CİNSEL BULAŞ TARAMA İLE SAPTANAN ETKENLER

• Total Bacterial Mass (Toplam Mikrobiyal Yük= TMY)
• Lactobacillus • Staphylococcus spp.
• Streptococcus spp.
• Corynebacterium spp.
• Commensals,sum
• Gardnerella vaginalis
• Ureopaslam parvum
• Mycoplasma homonis
• BV-associated opportunistic microorganisms,sum
• Enterobacteriaceae spp./ Enterococcus spp.
• Candida spp.
• Mycoplasma genitalium
• Trichomonas vaginalis
• Neisseria gonorrhoeae
• Chlamidya trchomatis

SEPSİTEST

• Bakteriyel,fungal,parazitler 700 üzerinde etkeni tarar
• İki aşamalı bir testtir
• 1. aşamada 16 s- ribozomal RNA PCR aranması ile, Materyalde Gr (+), Gr (-) bakteriler ya da fungal etkenlerden hangi grupların pozitif ya da negatif olduğunu belirtir
• 2. aşamada sekans (sequencing) analizi ile pozitif çıkan grubun etkeninin isimlendirilmesini yapar
• EDTA’lı tam kan, BOS, püy ve vücut sıvılarından çalışılır
• 4 saatte pozitif veya negatif sonucu, 3-4 saatte isimlendirme sonucu verir

SEPSİTEST’İN DİĞER ALTERNATİFLERLE KIYASLAMASI

• Roche SepsiFast sınırlı patojeni (14-21 patojen) tarar, SepsiTest 700’den fazla patojeni tarar
• Abbott Iridica’nın cihaz yatırımı ve test birim maliyeti oldukça yüksektir. SepsiTest’in cihaz yatırım maliyeti de, test birim fiyatı da daha ekonomiktir
• Maldi- TOF’un yatırım maliyeti oldukça yüksektir. SepsiTest daha erişilebilir ve kullanılabilir bir test durumundadır
• Biomerieux Biofire cihaz yatırımı da,test maliyetleri de yüksek olup,ayrıca patojen kapsamları da sınırlıdır

ASPERGİLLUS MULTİPLEKS PCR TESTİ

• Multipleks PCR yöntemi ile çalışılmaktadır
• Aspergillus fumigatus, A.terreus ve Aspergillus Sp. ayrımı yapmaktadır
• Bronkoalveoler lavaj (BAL) materyali önerilmektedir
• 1 gün içinde sonuç alınmaktadır

DERMATOMİKOZLAR MULTİPLKES PCR TESTİ

• Multipleks PCR yöntemi ile çalışılmaktadır
• Candida albicans,

Trichophyton,

Microsporum,

Epidermaphyton tür ayrımı yapmaktadır

• Tırnak, saç kökü ve deri kazıntısından çalışılmaktadır
• 1 gün içinde sonuç alınmaktadır

B. MOLEKÜLER KANTİTATİF VİRÜS ANALİZLERİ

• HBV DNA
• HCV RNA
• HIV RNA rutinleşmiş, tedavi takip ve izleminde kullanılan yöntemlerdir
• CMV DNA da yer yer kullanılmaktadır
• EBV DNA da yer yer kullanılmaktadır
• Polioma BK virüs düzeyi organ transplant hastalarında yaygın kullanılmaktadır
• Artık Real-Time PCR yöntemiyle çoğu etkenin kantitatif ölçümü ve takibi mümkündür
• Androflor ve Femoflor Mikrobiyota/ Cinsel Bulaş Tarama testlerinde de tek çalışmada çok sayıda etken kantitatif olarak da ölçülmektedir
• HPV DNA tipleri de kantitatif düzey ile izlenebilmektedir

C. İLAÇ DİRENCİ MOLEKÜLER TESTLERİ

Pratikte kullanılan başlıcaları:

1. HIV İlaç Direnci Integraz İnhibitörleri

Dolutegravir, Eltigravir, Raltegravir

HIV İlaç Direnci Proteaz İnhibitörleri

Atazanavir, Dorunavir, Indinavir, Lopinavir, Saquinavir,

Tipranavir, Fosamprenavir

HIV İlaç Direnci Reverse Transkriptaz İnhibitörleri

Abacavir, Zidovudine, Stavudine, Didanosine, Emtricitabine,

Lamivudine, Tenofovire, Efavirenz, Etrasivirene, Nevirapine,

Rilpivirine

2. HLA-B 57:01 (ABACAVIR İLAÇ SENSİTİVİTE TESTİ)

HIV Direnç Testleri için en etkin yöntem PCR+ Sekans analizidir.

3. HBV İlaç Direnci

• Adefovir
• Entecavir
• Famciclovir
• Lamivudin
• Telbivudin
• Tenofovir
• En etkin sonuç veren ve maliyet olarak da uygun olan yöntem PCR+ Sekans analizi yöntemidir.
• Real- Time PCR alternatifi de mevcuttur.

4. CMV İlaç Direnç Testi

Gancyclovir

Foscarnet

Cidofovir

Etkin Yöntem: PCR+ Sekans analizi

5. Tüberküloz İlaç Direnç Testleri

PCR+Sekans analizi ile Rifampisin, INH ve diğer anti- Tüberküloz ilaç dirençleri aranabilir.

Ancak, tüberkülozun dünyada yaygınlığı nedeniyle WHO’nun da desteğiyle kitlesel uygulanabilecek Real-Time PCR alternatifleri geliştirilmiştir.

Rifampisin İlaç Direnci esas alınmaktadır.

Rifampisin İlaç Direnci İçin Dünyadaki

Erişilebilir ve Uygulanabilir Üç İyi Alternatif

1. Cefeid GeneXpert Sistem (USA)

İlk bilinen sistemdir. Bazı ülkelerde WHO tarafından subvanse edilmiştir. Kısmi mobildir. CE onaylıdır.

2. Molbio TrueLab Mobil Real-Time PCR Sistem (India)

Mikroçip temelli tamamiyle mobil bir Real-Time PCR sistemidir.

Daha ekonomik ve heryerde uygulanabilir bir sistemdir.

CE onaylıdır.

3. Biometrix Technology Real-Time PCR Sistemi (Kore)

Mikroçip temelli Real-Time PCR sistemidir. Test volümüne göre farklı floresan okuma yapan cihaz yatırım alternatifleri mevcuttur.

Ekonomik ve uygulanabilir bir model olduğu söylenebilir.

CE onaylıdır.

D. GENOTİPLENDİRME TESTLERİ

a) HCV Genotiplendirme

PCR+ Sekans analizi en etkin ve kapsamlı sonuç veren yöntemdir

Ancak her yerde uygulanamaz. İleri PCR altyapısı ve bilgi altyapısı ve bilgi altyapısı gerekir.

Real-Time PCR ile ticari kitler mevcuttur. Tipleri ayırabilme özelliğine göre maliyetleri vardır.

b) HPV Genotiplendirme

En yaygın kullanılan genotiplendirme yöntemidir. Genotiplendirme ile, serviks kanserine neden olabilen yüksek riskli ve düşük riskli tipler saptanmaktadır.

Başlıca yüksek riskli tipler: Tip-16,18,26,31,33,

35,39,45,51,52,53,56,58,59,66,68,73,82

Düşük riskli tipler: Tip-6,11,44

Tip-16 ve 18’in serviks Ca’lerinin %70’inin nedeni olduğu belirtilmektedir.

( Bu bildirim, bizim verilerimizle uyuşmuyor)

HPV Genotiplendirmede Alternatifler

HPV yaygındır.

Bizim verilerimize göre, şüpheli cinsel temaslardan sonra HPV bulaşı erkeklerde %30- %35 kadınlarda %40-%50 arasındadır.

Bu nedenle, tüm diagnostik firmaların en çok yatırım yaptığı alanlardan birisi HPV genotiplendirme testidir. Abbott, Roche, Beckman, Siemens gibi dört büyük firmanın da bu alanda ürünleri vardır.

Ancak Hologic, Roche, Abbott otomatize cihazları nedeniyle bir adım öndedir.

Her firmanın yakalayabildiği tip kapsamı farklıdır.

HPV Genotiplendirmede Tartışmalar

Tartışmalı sonuçların en yaygın olduğu alandır

Nedeni, testlerdeki tip kapsamı farklılıklarıdır

Hastalar ve bazı hekimler, mutlak sonuç aramaktadırlar HPV genotiplendirmede mutlak sonuç yoktur

Aranılan tip kapsamına göre POZİTİF ya da NEGATİF sonuç değişebilir

Bazı kitler, yalnızca 16 ve 18’i aramaktadır

Bu kitle diğerleri negatif gözükür

Ticari kitler genelde 2 ile 35 arasında tip taraması yapmaktadırlar

Roche, Abbott ve Hologic 12-15 civarında tipi taramaktadırlar. Bir laboratuvarda pozitif çıkan sonuç, diğer laboratuvarlarda negatif çıkabilir.

HPV Genotiplendirme İçin Bizim Yöntemimiz

1. 1. adımda bütün tipleri tarıyoruz (130 civarı tip). Sonuç negatif ise, NEGATİF olarak raporluyoruz
2. Sonuç POZİTİF ise:

Tüm tipler isteniyorsa, sekans analizi ile tüm tiplerin tayinini yapıyoruz.

3. 21 Tip isteniyorsa, DNA Technology’nin HPV-Quant 21 RealTime PCR kiti ile çalışıyoruz.

18 yüksek, 3 düşük riskin sonucunu veriyoruz.

Bu kitin avantajı, yeterli sayıda tipi taraması yanında (14’ten fazla yüksek riskli tipi taraması yeterlidir),

Tiplerin KANTİTATİF Log. Düzey tayinini yapan tek kit olmasıdır.

Bu durum, takipte yararlı olabilir.

HPV DNA Pozitif Olgularda Bir İleri Aşama:

E6/ E7 Onkoprotein Analizi

• HPV DNA pozitif olgular, yalnızca pozitifliği yansıtır, ancak kansere gidişin (CIN+) evresini yansıtmaz.
• Bu nedenle, HPV DNA pozitif olgular kolposkopiye yönlendirilmektedirler ve kolposkopi sayısının yükselmesine neden olmaktadırlar.
• Normalde, kalıcı HPV infeksiyonları, infekte bayanların %5-10’unda görülmektedir.
• Kalıcı HPV infeksiyonları, servikal/anal/oroforingeal kanserler için büyük risktir.
• Yüksek riskli HPV tipleri ile infekte bireylerde, hastalık progresyonu süresince aşırı salınan E6/E7 onkoprotein analizi, kansere dönüşüm için iyi bir gösterge olarak kabul edilmektedir.

HPV DNA Pozitif Olgularda Bir İleri Aşama:

E6/ E7 Onkoprotein Analizi

• HPV DNA pozitif olguların doğrudan kolposkopiye yönlendirilmesi yerine, HPV E7 onkoprotein bakılması ve pozitif olanların kolposkopiye yönlendirilmesi ile, herhangi bir olgu atlanmadan kolposkopiye yönlendirilme oranında %43.75 azalma sağlanmıştır
• Mikrogen (Almanya) firması tarafından HPV Tip 16/18/45 olgularda E6/E7 onkoproteinleri ELISA ile saptayan test geliştirilmiştir.
• Tip 16 ve 18, tüm yüksek riskli tiplerin %70 civarını oluşturmaktadır.
• Laboratuvarımızda, HPV DNA yüksek risk pozitif olgularda E6/E7 onkoprotein ölçümüne başlamış bulunmaktayız.

E. MONOPLEKS PCR YÖNTEMLERİ

• PCR’ın hızlı bir tanı yöntemi olması
• Duyarlılığın yüksek olması
• Erken tanı sağlaması
• Real-Time PCR sayesinde kantitasyon sağlaması
• Antibiyotik kullanımından etkilenmemesi gibi nedenlerle,
• Çok sayıda infeksiyon etkeni bu yöntemle saptanır hale gelmiştir

Laboratuvarımızda Çalışılan Başlıca PCR Testleri

• Avian Influenza Virus H5N1 Real Time PCR
• Borrelia burgdorferi (Lyme) DNA (PCR)
• Brucella Real Time PCR
• CMV- DNA Real Time (PCR) (Kantitatif)
• CMV- DNA (PCR)
• Ebola Virus (EBOV) Real Time PCR
• EBV-DNA (PCR)
• EBV-DNA Real Time PCR (Kantitatif)
• HBV-DNA kantitatif viral yük (Real-Time PCR)
• HCV-RNA kantitatif viral yük (Real-Time PCR)
• HCV Genotiplendirme
• HDV-RNA (PCR)
• Helicobacter pylori DNA (PCR)
• HIV-RNA Viral yük (Kantitatif) (Real-Time PCR)
• Herpes Virus (HHV-6) Real Time PCR
• Herpes Virus (HHV-8) Real Time PCR
• HPV-DNA Genotiplendirme
• HPV-DNA PCR
• HSV 1-2 DNA (PCR)
• İnterlökin 28-B RT-PCR
• JC Virus Real Time PCR
• Klamidya pneumonia DNA (PCR)
• Klamidya trachomatis DNA (PCR)

• Klostridium difficile DNA (Toksin A ve B) (PCR)

• Lassa Virus (LV) Real Time PCR
• Legionella pneumophila DNA (PCR)
• Leptospira Real Time PCR
• Listeria monocytogenes DNA (PCR)
• Measles (Kızamık) Virus RealTime PCR
• MERS-CoV Real Time RT-PCR
• Mumps (Kabakulak) Virus RealTime PCR
• Mycobacterium tuberkulozis DNA (PCR)
• Mycoplazma hominis DNA (PCR)
• Mycoplazma pneumoniae DNA (PCR)
• Neisseria gonorrhoeae DNA (PCR)
• Parvovirus B-19 DNA (PCR)
• Periodontal hastalık etkenleri (PCR)
• Pneumocystis Carinii Real Time PCR
• Pneumocystis Jirovecii Real Time PCR
• Toksoplazma gondii DNA (PCR)
• Ureoplazma urealyticum DNA (PCR)
• VZV DNA (PCR)
• PolioVirus 1 Real Time RT-PCR
• Polyoma Virus BK (PBK) Real Time PCR
• Rabies Virus Real Time RT-PCR
• Rickettsia Real Time PCR
• Rubella (Kızamıkçık) Virus RealTime PCR
• SARS Corona Virus (SARS-CoV) Real Time PCR
• Yellow Fever (Sarı Humma) Virus Real Time PCR

F. IGRA (Interferon Gamma Releasing Assay) Testler

• FDA ve CE onayı almış olanlar T-SPOT.TB ve Quantiferon testleridir.
• Bu testler, Tüberküloz basiline spesifik antijenlere karşı lenfositlerin Interferon Gamma salınım düzeyini ölçen testlerdir
• Kişinin daha önce Tüberküloz basili ile karşılaşıp karşılaşmadığını göstermeleri yönünden duyarlılık ve özgüllükleri yüksek testlerdir
• Gelişim Tıp Laboratuvarları’nın 10.000 üzeri hasta üzerinde T-SPOT.TB Test sonuçlarına göre, Türk toplumunun Tüberküloz ile infekte olma düzeyi %24’tür

                          Pozitif Kontrol         Panel A                 Panel B                   Negatif Kontrol

IGRA Testler

T-SPOT.TB Testin Quantiferon’a göre:

• Indetermin (belirlenemeyen) oranın çok daha düşük olması (%9-10’a karşı %1-2)
• Sonuçların net ve saklanabilir, kanıtlı olması
• Hergün çalışmaya uygun olması
• Tek tüpten çalışılabilmesi
• Tek tek çalışılabilmesi
• Bağışıklık sistemi baskılanmış bireylerde daha iyi sonuç vermesi gibi nedenlerle, T-SPOT.TB Testi tercih etmekteyiz.

T-SPOT.TB Test İle Aktif/Latent TB Ayrımı

• IGRA testler, aktif/latent TB ayrımı yapamazlar
• Bilinen bilgiler bu şekildedir
• Son yapılan çalışmalarda, T-SPOT.TB Testin immun sistemi baskılanan latent ve aktif TB görülen bireylerin ayrımında kullanılabileceği yönünde umut verici bulgular ortaya konmaktadır
• Bu da TB Ag/fitohemaglutinin (PHA) oranının ortaya konulmasıyla sağlanmaktadır.
• T-SPOT.TB Test, bu oranı ortaya koyabilen bir tekniğe sahiptir.
• T.SPOT.TB Test pozitif olan 185 hasta incelenmiştir.
• Bu hastalardan 101’i immun sistemi baskılanmış ve aktif TB, 84’ü immun sistemi baskılanmamış latent TB infeksiyonudur
• Test sonucunda ESAT-6, CFP-10 ve PHA kuyucuklarındaki spot sayıları ve oranları hesaplanmıştır
• T-SPOT.TB Testinde PHA hücre spotu sayısı immun sistemi baskılanan hastalarda belirgin olarak azalmaktadır
• Aktif TB tanısı alan ve immun sistemi baskılanan hastalarda TB Antijeni/ PHA oranı, latent TB görülenlere göre önemli ölçüde yüksektir
• Aktif TB’de 0.316 cut off değeri kullanılarak %79.21 sensitivite, %94.05 spesifite ile tanı konulmuştur
• TB Ag/PHA oranının, immun sistemi baskılanmış aktif TB hastalarını latent TB olgularından ayırmada yararlı olabileceği düşünülmektedir.

G. KONFİRMASYON/ DOĞRULAMA TESTLERİ

• Bordetella pertussis IgG Konfirmasyon
• Bordetella pertussis IgM Konfirmasyon
• Borrelia IgG Konfirmasyon
• Borrelia IgM Konfirmasyon
• Campylobacter IgG Konfirmasyon
• Campylobacter IgM Konfirmasyon
• Chlamydia IgG Konfirmasyon
• Chlamydia IgA (IgM)* Konfirmasyon
• Helicobacter IgG Konfirmasyon
• Helicobacter IgA Konfirmasyon
• Treponema IgG Konfirmasyon
• Treponema IgM Konfirmasyon
• Yersinia IgG Konfirmasyon
• Yersinia IgA (IgM)* Konfirmasyon
• CMV IgG (Avidity)* Konfirmasyon
• CMV IgM Konfirmasyon
• TORCH screening IgG Konfirmasyon
• TORCH screening IgM Konfirmasyon
• EBV IgG (Avidity)* (IgA)* Konfirmasyon
• EBV IgM Konfirmasyon
• HCV IgG Konfirmasyon
• HEV IgG/ IgM Konfirmasyon
• HEV IgG/ IgM Konfirmasyon
• HSV-1& HSV-2 IgG Konfirmasyon
• HIV-1 & HIV-2 IgG Konfirmasyon
• Parvovirus B19 IgG (Avidity)* Konfirmasyon
• Parvovirus B19 IgM Konfirmasyon
• Rubella IgG Konfirmasyon
• Tropical Fever IgG Konfirmasyon
• Tropical Fever IgM Konfirmasyon

H. ANTİJEN TESTLERİ

• Direkt tanı yöntemi olduğu için değerlidir
• Ancak çoğunlukla duyarlılığı yüksek testler değildir.
• HBsAg, HBeAg, HIV p24 Ag (kısmen) duyarlılığı yüksek testlerdir
• Strep A Ag testinin duyarlılığı yüksektir.
• Galactomannan Ag. duyarlılığı kabul edilebilir düzeydedir
• Influenza Ag. duyarlılığı kabul edilebilir düzeydedir
• Cryptococcus Ag. duyarlılığı kabul edilebilir düzeydedir

Gastrointestinal Sistem İnfeksiyonları Antijen Testleri

• Giardia lamblia Antijen Testi: Kullanılabilir, ancak duyarlılık yüksek değildir.
• Cryptosporidium Antijen Testi: Kullanılabilir, ancak duyarlılık yüksek değildir.
• Entamoeba histolitica Antijen Testi: Kullanılabilir, ancak duyarlılık yüksek değildir.
• Rotavirus, Adenovirus Antijen Testi: Duyarlılık yüksektir
• Salmonella Ag ve S.typhi Antijen Testi: Kullanılabilir düzeydedir
• HpSA duyarlılığı kabul edilebilir düzeydedir

Cinsel Yolla Bulaşan Hastalıklar Antijen Testleri

• Neisseria gonorrhoea Antijen Testi: Duyarlılık kabul edilebilir düzeydedir
• Candida albicans Antijen Testi: Duyarlılık kabul edilebilir düzeydedir
• Bakteriyel vaginosis Antijen Testi: Duyarlılık kabul edilebilir düzeydedir
• Trichomonas vaginalis Antijen Testi: Kullanılabilir, ancak duyarlılık yüksek değildir
• Strep B Antijen Testi: Kullanılabilir, ancak duyarlılık yüksek değildir
• HSV ½ Antijen Testi: Kullanılabilir, ancak duyarlılık yüksek değildir
• Chlamydia trachomatis Antijen Testi: Duyarlılık iyi değildir

MOLEKÜLER TESTLER

YAYGINLAŞTIRILABİLİR Mİ?

Moleküler testler, şu anda infeksiyon etkenlerinin tanısında sağladığı: • Yüksek duyarlılık oranı

• Erken tanı koyma olanağı
• Kısa sürede sonuç alınabilmesi • Toplam maliyeti düşürebilmesi gibi avantajlarla yaygınlaşmaya devam etmektedir

Moleküler Testlerin Dezavantajları

• İleri altyapı gerektirmesi,
• Laboratuvar yatırım maliyetinin yüksek olması
• Deneyimli personel gerektirmesi gibi nedenlerle, merkezi veya araştırma laboratuvarı olarak konumlanmaktadır.
• Bu durum da, örneklerin dışarıya gönderilmesi ve sonuç alma sürelerinin uzamasına yol açmaktadır

Mobil PCR Sistemleri

• PCR tekniği tanıda önemlidir ve yaygınlaşmalıdır
• Bu da ancak, düşük yatırım maliyeti ile birlikte fazla deneyimli personel gerektirmeyen cihaz ve ekipmanlarla sağlanabilir
• Bu nedenle, mobil PCR yöntemleri üzerinde durulmaktadır
• Cefeid GenXpert ve Molbio TrueLab cihazları, bu alanda önde görünmektedir
• Molbio TrueLab, mobil PCR tanımına daha yakın görünmektedir

Mobil PCR Cihazları İle Hangi Testler Çalışılabilir?

• Tüberküloz DNA PCR
• TB Rifampisin İlaç direnci
• HBV DNA kantitatif
• H1N1 PCR
• Salmonella PCR
• Malaria Pf PCR
• Dengue PCR
• Chikungunya PCR

Yukarıdaki testler CE onaylıdır (HBV DNA hariç)

Test menüsü genişlemektedir

CE onaysız testleri de kullanılmaktadır 

BİR İNFEKSİYON HASTALIKLARI KLİNİĞİ LABORATUVARINDA HANGİ TESTLER YAPILABİLMELİDİR?

İnfeksiyon Hastalıkları Kliniği Kendi Laboratuvarına    

Sahip Olmalıdır

• Hastanın tanısını en hızlı şekilde koymak için,
• Klinikle laboratuvar test sonucunu eşgüdümlü izleyerek doğru tanı koymak için,
• Olası örnek kayıplarını ortadan kaldırmak için,
• Asistan eğitimini pratiğe de yansıtarak kaliteli bir İnfeksiyon Hastalıkları ve Klinik Mikrobiyoloji eğitimi vermek için,
• Bilimsel araştırmaları teşvik eden bir altyapıya sahip olmak için,

İnfeksiyon Hastalıkları ve Klinik Mikrobiyoloji Kliniği, kendi bünyesinde bir laboratuvara sahip olmalıdır.

İnfeksiyon Hastalıkları Kliniğindeki Laboratuvarda Hangi Testler Yapılmalıdır

a) Asgari Test Paneli:

Bu test kapsamı değişebilir. Ancak temel ve asgari olarak şu testler yapılmalıdır:

• Tam kan sayımı (Cihazla ya da manuel olarak)
• Sedimentasyon hızı
• CRP
• Kültürler
• Gram, EZN, Metilen mavisi, Giemsa boyamaları
• Direkt mikroskopiler
• BOS hücre sayımı ve Pandy
• Tam idrar tetkiki

b) Sepsis Paneli bakılması da yararlı olacaktır

Ateşli hastalar ve sepsis ihtimali üzerinde hızlı karar vermek, doğru takip ve tedavi uygulamak için, sepsis tanısında yardımcı olacak bir panel de yararlı olacaktır.

Bu nedenle:

• Prokalsitonin
• Interlökin-6
• CRP

Bakabilecek bir pratik altyapının oluşturulması uygun olacaktır.

Böyle bir cihaz yatırımı 2500-3000 USD’yi aşmayacaktır.

c) Moleküler Testler de Bakılabilir

Teknolojinin gelişmesiyle yaygınlaşma eğilimi gösteren PCR yöntemi, infeksiyon kliniklerinde de kullanılabilir.

Bunun için, az yatırım gerektiren, sıradan bir teknisyene de yaptırılabilecek Mobil PCR Cihaz ve sistemleri kullanılabilir.

Cihaz yatırımı 17.000 USD altında olacaktır

Böyle bir cihaz ve sistemler ile şu testler yapılabilir:

• Tüberküloz DNA PCR
• Rifampisin İlaç direnci
• H1N1
• HBV DNA (x)
• HCV RNA (x)
• HIV RNA (x)
• Salmonella PCR
• Malarya PCR
• Rabies PCR
• Dengue PCR
• Chikungunya PCR

Test menüsü sürekli artmaktadır.

(x) : CE onayı alınacak

d) Daha Fazlası İçin: Multipleks PCR Panelleri

Daha da ilerisi için, multipleks PCR panelleri bakılabilir.

Bunun için bir PCR laboratuvarı kurulmalıdır.

Belirli bir alan ve yatırım gerekir.

Ondan sonra:

• Solunum yolları patojenleri multipleks PCR testi (22 patojen)
• Menenjit/Sepisis patojenleri multipleks PCR testi (23 patojen)
• Gastrointestinal Sistem patojenleri multipleks PCR testi (18 patojen)
• Cinsel yolla bulaşan patojenleri multipleks PCR testi Panelleri bakılabilir.

e) Otomatize BOS Hücre Sayımı Cihazı

Bu cihaz da, İnfeksiyon Kliniği Laboratuvarında bulunabilir.

Maliyeti 14.000-15.000 USD arasındadır.

SONUÇ

Yukarıda belirtilen bir altyapı ile İnfeksiyon Hastalıkları Klinikleri, hem hastalara daha hızlı ve doğru tanı koyacak, hem de kaliteli bir hizmet sunmuş olacaklardır.

Ayrıca, Hıfzıssıhha (Halk Sağlığı) Merkez Laboratuvarına gönderilen örnekler de yerinde çözülmüş olacak, merkez laboratuvarının yükü azalacaktır.

Dışarıdan Hizmet Alımı

Eğer moleküler testler ile ilgili bir altyapı kurulmayacaksa, belirtilen testler dış laboratuvar hizmet alımı olarak sağlanabilir.

Kanımızca bir İnfeksiyon Hastalıkları Kliniği:

• Menenjit/ Sepsis Patojenleri Multipleks PCR Testini (22 etken)
• Solunum Patojenleri Multipleks PCR Testini (22 etken)
• Gastrointestinal Sistem Patojenleri Multipleks PCR Testini (18 etken)
• Cinsel Yolla Bulaşan Hastalıklar Multipleks PCR Testini (15-20 etken)
• İlaç direnç testlerini
• Genotiplendirme testlerini
• SepsiTest
• Monopleks PCR testlerini
• IGRA Testleri
• Konfirmasyon testlerini rutin olarak kullanmalı ve tanı/tedavi kalitesini

yükseltmelidir.

• Bu testler dış laboratuvar hizmet alımı yoluyla sağlanabilir.
• Bu yönde girişimler yapılabilir.
• Özel hastane grupları, bu işi gayet başarılı şekilde yürütmektedirler. Kamu sektörü de aynı yolu izleyebilir.
• SUT ilişkili böyle bir test alım paketi hazırlanabilir.